Семейная жизнь Джорджа и его родителей, мистера и миссис Литтл, кардинально изменилась с появлением Стюарта. Несмотря на то, что он всего лишь мышонок, Стюарт быстро стал полноправным членом семьи, ведь он не только одет в стильный костюмчик, но и имеет верный характер, что вызывает у всех окружающих противоречивые чувства — от умиления до недоумения. С первых дней пребывания в новом доме, Стюарт сталкивается с различными испытаниями. Главной угрозой для него стали местные коты, особенно кот по имени Снежок, который не может примириться с мыслью о том, что в доме живет мышь.
Стюарт старается изо всех сил быть хорошим братом для Джорджа и помочь ему в повседневных делах. Они вместе строят модели кораблей, играют в парке и даже сталкиваются с хулиганами, которые сначала смеются над Стюартом, но вскоре понимают, что этот малыш не так прост, как кажется на первый взгляд. Сложности в отношениях возникают и в том, что не все сразу принимают присутствие мышонка в человеческой семье, но Стюарт с каждым своим поступком доказывает, что его место именно здесь, рядом с Джорджем и его родителями.
Конфликт достигает апогея, когда Стюарт оказывается в беде. Его похищают мошенники, выдающие себя за его настоящих родителей. Они плетут сложную сеть обмана, но Стюарт благодаря своему уму и храбрости раскрывает их планы. Ему удается освободиться, но путь домой оказывается непростым. По дороге он встречает множество чужих и иногда недоброжелательных существ, однако с честью преодолевает эти испытания. Используя свою сообразительность и немного везения, Стюарт находит дорогу к дому Литтлов.
Финальная часть истории подчеркивает важность семьи и дружбы. Джордж и Стюарт становятся настоящими братьями, поддерживая друг друга в любых ситуациях. А Снежок, несмотря на свое первоначальное недоверие и желание избавиться от Стюарта, начинает видеть в нем настоящего друга и союзника. Вместе они учатся не только жить в мире, но и защищать друг друга, так как приключения кажутся только началом их совместного пути.
