События начинают разворачиваться с того, как Шэгги, все еще будучи мальчиком, находит своего лучшего друга – забавного щенка Скуби-ду. Вскоре этот дуэт получает поддержку в лице их школьных друзей: храброго и решительного Фредди, изобретательной Вельмы и стильной, но не менее смелой Дафни. Вместе они решают создать детективное агентство, мечтая расследовать таинственные случаи и помогать законопослушным гражданам. Их первое крупное дело оказывается связано с таинственным злодеем по имени Подлый Дик, который задумывает дерзкий план по освобождению монстра из древних мифов – Цербера, трехглавого призрачного пса, способного уничтожить все на своем пути.
Команда отправляется на поиски разгадки этого загадочного дела, сталкиваясь с массой препятствий и загадок. Они посещают старинные замки, древние пещеры и заброшенные фабрики, каждое из которых хранит свои страшные тайны и интригующие головоломки. В процессе их расследования становятся очевидными не только хитрость и коварство противника, но и его намерение вызвать хаос в городе, который друзья обещали защитить.
Несмотря на кажущуюся опасность, детективы полны решимости и объединяют усилия, чтобы предотвратить наступление катастрофы. Каждый из них использует свои уникальные навыки: Фред держит группу в тонусе стратегией и лидерством, Вельма разгадывает шифры и находит тайные проходы, Дафни без труда подмечает детали, которые ускользают от внимания остальных, а Шэгги и Скуби-думой хоть и то и дело попадают в комичные ситуации, но часто находят ключи к разгадке благодаря своим инстинктам и удаче.
По мере того как они приближаются к разгадке, команда осознает, что Подлый Дик – не единственная угроза. На их пути встречаются призрачные существа и загадочные явления, будто стремящиеся остановить их расследование. В этой битве с потусторонними силами друзья учатся доверять друг другу еще больше, становясь настоящей сплоченной командой. Кульминация истории разворачивается в напряженной схватке, где на кону стоит не только жизнь их родного города, но и личные убеждения каждого из участников команды.