В центре сюжета фильма "Катастрофа в облаках" находится опытный летчик Викрант Кханна, который попадает в непростую ситуацию после загадочного инцидента во время одного из его рейсов. Самолет, которым он управлял, выполняя рейс из столицы Катара Дохи в индийский город Кочин, внезапно исчезает с радаров, вызвав панику среди авиадиспетчеров и спасательных служб. Спустя некоторое время, к удивлению всех, воздушное судно появляется в совершенно неожиданном месте, что становится началом расследования, грозящего герою серьезными последствиями.
Следствие, начатое сразу после приземления самолета, пытается разобраться, что же произошло на самом деле. Викрант становится главным подозреваемым. Отважный пилот утверждает, что неожиданное отклонение от курса и исчезновение с радаров были вызваны не техническими неполадками и не его ошибкой. Он настаивает на том, что столкнулся с непредсказуемым природным явлением или даже с чем-то более мистическим.
На протяжении фильма зритель видит, как Викрант переживает серьезное моральное и профессиональное испытание. Вокруг него разворачивается драматическая борьба, где он пытается доказать свою правоту, сражаясь с обвинениями, которые ставят под угрозу его карьеру и жизнь. Тем временем, внешние события осложняются интересами крупных авиационных корпораций и политическими аспектами, добавляющими еще больше напряжения.
Параллельно с главным героем расследование ведет настойчивая журналистка Анжали, которая не верит в официальную версию и стремится докопаться до истины. Она встречается с пассажирами того злополучного рейса, изучает данные черных ящиков и пытается восстановить картину произошедшего. С каждым новым шагом ей удается приблизиться к разгадке, которую никто не ожидает.
Кульминация фильма наступает, когда Викрант, при поддержке Анжали, раскрывает шокирующую правду о событиях того дня, которая меняет не только его судьбу, но и представление о возможностях и опасностях современных технологий. Захватывающие повороты сюжета и напряженная атмосфера держат зрителей в напряжении до самого конца, погружая их в водоворот событий, где грани реальности и загадочного мира стираются.